Jean-Louis Giavitto
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le Petit Nicolas exagère

Activités (current responsabilities)

Directeur de recherche au CNRS Ancien directeur et co-fondateur du laboratoire IBISC, FRE 3190 du CNRS (jusqu'en décembre 2009), Université d'Evry/GENOPOLE, (AERES). Rédacteur en chef de TSI (Technique et Science Informatique), revue francophone éditée par Lavoisier et Hermes Science. Comment soumettre à la revue Technique et Science Informatiques. Research Keywords: programming languages (evaluation, compilation, static analysis), declarative languages, topological concepts in programming language, simulation, algebraic topology and knowledge representation, space and time representation, biological simulation and computational models for biology, synthetic biology, collection, data fields, topological collection, amalgams.

• Membre :
  • European Association for Programming Languages and Systems: EAPLS, 
  • European Association for Theoretical Computer Science EATCS 
  • Société savante et professionnelle des Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication ASTI (conseil d'administration).

Bibliographie (on-line bibliographic datafile) sur le web Publications récentes (Recent publications on an alternative web page) Quelques publications sous HAL (some publications on HAL (open archive)) Google Scholar CiteSeer citations ACM ACM Guide CSB Organisation de conférences, Invitation (Invited speaker, Conference PCs and chairs) NICSO 2010 International Workshop on Nature Inspired Cooperative Strategies for Optimization Conférence Interdisciplinaire sur la Formation des Motifs dans la Morphogénèse (workshop IHES coorganisé par Vincenzo Capasso, Mikhael Gromov, Annick Harel-Bellan et Nadya Morozova) Chair of the Prix de thèse ASTI 2009 MeCBIC 2009 3rd Workshop on Membrane Computing and Biologically Inspired Process Calculi Réseau National des Systèmes Complexes SISC'09 : Vers une science et ingénierie des systèmes complexes S4 Int. Conf. Emergence in Geographical Space: Concepts, Methods and Models LIGC 2009 Egalité, Identité, Isomorphisme Member of ERCIM InterLink Working Group on Software-Intensive Systems and New Computing Paradigms Workshops held in Eze, Munich, Urbana-Champaign and Cannes. FOODSIM'2008 The Food and Nutrition Simulation Conference June 2008, University College Dublin, Dublin, Ireland. The bi-annual Foodsim conference brings together model developers, food experts and (potential) industrial users of model simulation tools. The conference presents the state-of-the-art in using computer models in development and operation of food products. iGEM'07 Paris teamMGS is used to model the project of the Paris team in the iGEM 2007 competition. Antoine Spicher is one of the advisor of the french team which has won the first price in in the "Fundamental Research" category. NICSO'07 (NICSO'06) Workshop on Nature Inspired Cooperative Strategies for Optimization Amorphous Computing journée de travail (18 juillet 2007) organisée par IBISC/LIS et INRIA Futurs/ Alchemy DCM'07 3rd International Workshop on Development of Computational Models EA'07 8th International Conference on Artificial Evolution JFLA 2007 Journées francophones des Langages Applicatifs TAPS'06 Workshop on Theory and Applications of P Systems Dagstuhl Seminar: Computing Media and Languages for Space-Oriented Computation 2006, coorganized by A. DeHon (CalTech - Pasadena, US), F. Gruau (Univ. Paris Sud, FR) and myself. IPCAT'05 Information Processing in Cells and Tissue RULE'05 International Workshop on Rule-Based Programming French workshop on "Modélisation et simulation de processus biologique dans le contexte de la génomique" (4-8 April 2005, Montpellier) UPP'04 Unconventional Programming Paradigms.

Systems Self-Assembly: multidisciplinary snapshots chapter: Simulation of self-assembly processes using abstract reduction systems edited by Natalio Krasnogor, Steve Gustafson, David Pelta and Jose L. Verdegay 2008, 304 pages, ISBN-10: 0-444-52865-2 table des matières Morphogenèse : L'origine des formes chapitre : Morphogenèse Informatique sous la direction de Paul Bourgine et Annick Lesne 2006, 17 x 24 cm, 352 pages, code Belin 004471, ISBN 2-7011-4471-X, EAN 9782701144719 table des matières Interview de Annick Lesne sur France-Culture (10Mb, .rm) Molecular Computational Models: Unconventional Approaches chapter : Modeling Developmental Processes in MGS edited by Marian Gheorghe (Univ. of Sheffield) 2005, 287 pages, ISBN: 1-59140-334-0 table des matières

• Enseignant je suis intervenu en L1 (caml), en L3 (compilation, logique), en M1 (modélisation et simulation), en M2 (modèles non-conventionnels de programmation, sémantique dénotationelle, langage déclaratif) ainsi qu'en formation permanente (SUPELEC) et en école d'ingénieur (IIE).

Vers mon travail et mes projets (my research projects)

• Je travaille avec Olivier Michel et avec Antoine Spicher dans le laboratoire IBISC.


• Présentation en anglais de MGS
  english presentation of the MGS project: a declarative programming language for the modeling and the simulation of dynamical systems with dynamical structures with applications in integrative biology.
• Présentation en anglais du projet (U)TopoIa
  english presentation of the (U)TopoIa project: algebraic topology for diagrammatic reasoning, knowledge representation and analogy solving.
• Groupe de travail CELLIA   workgroup in modelling and simlulation of biological processing (in french)
  Atelier GENOPOLE   post-genomic modeling and simulation (in french)
• Présentation en anglais de 8 1/2
  english presentation of the Otto e Mezzo project: a declarative programming language for the parallel simulation of dynamical systems.
• Première présentation en francais d'un cadre général pour la définition récursive de structure de données déclaratives
• Ces travaux s'appuient sur l'idée intuitive que l'espace est une notion utile et fertile en informatique. (Cf. les transparents d'une présentation en francais : première partie sur l'espace dans les structure de données et de contrôles et deuxième partie sur l'utilisation de l'espace pour la représentation de connaisance.)
• Concepts et outils de programmation pour les simulations en biologie.
  Le projet Otto a exploré l'utilisation des langages à flot de données synchrones pour la simulation des systèmes dynamiques. La modélisation des phénomènes biologiques donne lieu à une classe particulièrement difficile de systèmes dynamiques : ceux dont la structure même est dynamique.
  Ce type d'application est à présent dans mon collimateur et je m'y attaque à partir d'outils topologique pour la programmation. Les outils que j'utilise sont dans la continuité des recherches menées à propos de Otto.Je développe des collaborations avec le CIRAD et l'université d'Evry autour de ces sujets (Cf. plus bas).

Parlons de moi (about me)

Chef de projet à la CGE/Alsthom/Alcatel, chargé de recherche puis directeur de recherche au CNRS, habilité à dirigé des recherches, j'ai aussi été directeur du LaMI, le laboratoire des méthodes informatiques de l'université d'Evry, associé à GENOPOLE et au CNRS, de janvier 2004 à décembre 2005, après en avoir été le directeur-adjoint pendant 3 ans. Je suis à présent directeur-adjoint de l'unité IBISC.

• Mon nouveau projet de recherche : Approches topologiques pour la programmation et la modélisation informatique des systèmes dynamiques à structure dynamique
• Mon rapport d'habilitation (en francais, .ps.gz)
• My tenure report in english (.ps.gz)  (.pdf)
• Mon curriculum vitae (version française, postcript) (version .ps.gz)
• My curriculum vitae (in english)
• Le support de la soutenance d'habilitation (the slide show for the tenure). Ce fichier est un zip auto-extractible dont le résultat est un programme pour Windows95 ou WindowsNT. Ce programme affiche une suite de transparents de présentation et des animations qui m'ont servi à illustrer ma soutenance d'habilitation.
• Rapport d'activité du projet "Otto e Mezzo" en ligne (periode 1992-1995).

et du reste de la communauté ...

• Quelques liens vers les institutions : le CNRS,   le département STIC du CNRS,   le GDR ALP du CNRS,   la GENOPOLE d'Evry,   l'IHES,   l'unité de modélisation du CIRAD.
• Je travaille avec Olivier Michel dans le laboratoire IBISC. Nous avons proposé une action blanche autour de la simulation de phénomènes cellulaires c'est le projet PHCP qui réuni des gens du LaMI et de GENOPOLE. (Voir les transparents d'une présentation faite aux journées Péri-Bio d'Evry et une proposition de programme jeune équipe SPI).
• Avec Christophe Godin du laboratoire de modélisation du CIRAD, nous travaillons sur la nouvelle version du logiciel AMAPMOD pour la modélisation des plantes. Vous trouverez ici une page décrivant nos objectifs. Nous explorons aussi l'application du langage MGS à la modélisation de la croissance méristématique.
• Avec Franck Delaplace du LaMI nous réflechissons sur le traitement parallèle de structures de données réparties irrégulières et participons à l'action transversale inter-GDR PRO (cette page décrit le groupe de travail dont je suis responsable et celle-ci les rencontres à Lille en Novembre 99).

Mais nous travaillons aussi sur les problèmes d'organisation des systèmes biologiques (pour la modélisation informatique et la simulation des processus biologiques). Ce travail ce déroule dans le cadre du groupe de travail CELLIA et de l'atelier GENOPOLE simulation en génomique.

• Je suis rédacteur en chef de TSI.
  (comment soumettre à la revue Technique et Science Informatiques .) Cette tâche me tient à coeur car cette revue est un outil précieux pour communauté de recherche francaise.
  • Vous trouverez dans l'édito du numéro de mars 99 l'expression de mon opinion sur l'humeur de la communauté de la recherche en informatique ; cet éditorial et une réponse de Max Dauchet sont accessible dans la revue 43 de Specif.
  • Un autre de mes éditoriaux (octobre 2001), sur un mode plus ironique, présente quelques générateurs linguistiques pour se débarasser des formulaires administratifs.
  • Vous trouverez ici un éditorial (novembre 2002) sur le rôle de la modélisation informatique et son impact dans la construction d'une nouvelle rationalité scientifique.
  • J'ai été interviewé pour STIC-Hebdo dans le numéro 42 (janvier 2005). J'y évoque les liens entre informatique et biologie (lien alternatif).
• J'ai enseigné ou j'enseigne : les langages de programmation et les langages parallèles dans plusieurs filières : le DEA d'architectures d'Orsay,le TER en maitrise à Orsay (sur les ROBDD), en formation permanente à SUPELEC (pour le parallélisme), dans le DEA francophone de IASI en Roumanie, le DEA d'Evry (semantique denotationelle), la modélisation informatique des systèmes dynamiques dans le DEA AMIB (bioinfo a Evry) et le magistere bioinfo de l'IIE, le DEUG à Evry (programmation fonctionnelle), la maitrise d'Evry (compilation), le DEA de Bobo-Dioulasso (Burkina-Fasso), etc.

par le passé

• Fabrice Legrand, Abderahmane Mahiout, Philip Nguyen, Julien Soula, Vincent Segard et  Dominique De Vito ont travaillé sur 8 1/2
• Ainsi qu'Olivier Michel avec lequel je travaille encore. Notre thématique est toujours centrée sur de nouvelles constructions pour les langages de programmation, avec des domaines d'applications particuliers (les simulations de systèmes dynamiques à structure dynamique).
• Le projet 8 1/2 a été mené en collaboration avec Jean-Paul Sansonnet qui poursuit ses recherches au LIMSI
• Erika Valencia a fait son stage de DEA et a débuté avec moi son travail de thèse sur le raisonnement diagrammatique et plus précisément, sur l'utilisation d'outils de topologie algébrique pour la représentations de connaissances. Elle poursuit sa  thèse au LIMSI avec J.-P. Sansonnet.
• Mon travail a souvent rencontré les travaux de Paul Feautrier et de son équipe (en particuliers Jean-Francois Collard pour les champs de données et Albert Cohen qui a travaillé sur des structures apparentées aux GBF) au PriSM
• Mais j'ai travaillé aussi avec Gaetan Hains du LIFO dans le groupe de travail LODEC du GDR ALP et au sein de l'action iHPerf du GDR ARP
• Bjorn Lisper a aussi travaillé les champs de données (et a rapporté sur mon habilitation)
• Ces travaux ont d'abord été mené dans l'équipe Architectures Parallèle du Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI). Ils se sont poursuivis dans l'équipe SPECIF du Laboratoire des Méthodes Informatiques (LaMI) Ils se déroulent à présent dans l'équipe LIS du laboratoire IBISC.

 
Pour me contacter :

     pour venir sur le site de Tour Evry-2

Jean-Louis GIAVITTO IBISC FRE 3190 CNRS et Université d'Evry Val d'Essone Tour Evry 2, GENOPOLE        (2eme etage, bureau 16) 523, Place des terrasses de l'agora 91000 Evry - FRANCE email: giavitto -at- ibisc -dot- univ-evry.fr (replace "-at-" by "@" and "-dot-" by "." !) téléphone: 01.60.87.39.14    fax: 01.60.87.37.89 (from abroad: replace the first 0 by 33)

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Le LaMI Laboratoire de Méthodes Informatique UMR 8042 du CNRS,        et le LSC, Laboratoire des Systèmes Complexes, FRE 2494 du CNRS, ont fusionné le 1er janvier 2006 en une nouvelle unité IBISC Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes