Qui suis-je ?/ Who am I ?
Je suis professeur depuis 2005 à l'université d'Evry Val d'Essonnes. En 2000 je me suis reconverti vers la bioinformatique. Auparavant, mes thèmes sujets de recherches concernaient le calcul hautes performances et les Grilles: Compilation pour les langages parallèles, parallélisation de structures creuses, environnement de structures creuses pour le calcul parallèle intensif. A présent, mes sujets de recherche concernent l'étude de la dynamique des réseaux biologiques et la théorie des jeux à base de réseaux.
I am professor at Evry University since 2005 - In year 2000, I did a thematic conversion to the bioinformatics field. Before this year, my research topics were concerned high performance computing, namely: Compilation for high performance computer, sparse matrix parallelization, communication compilation for data-parallel languages. Now, my research topics concern the study of the dynomics of biological networks, network in game theory and recently, synthetic biology.
Sujet de Recherches/ Research Topics
Les sections suivantes décrivent mes différents sujets de recherches. Je la complète régulièrement.
The following section describe my research topics. They are updated regularely.Biologie Computationnelle
Computational BiologyCe thème a pour objet l"étude des propriétés dynamiques des réseaux biologiques par des méthodes informatiques théoriques. Il s'agit de développer un corpus de méthodes fondamentales et appliquées permettant d'exhiber les propriétés des réseaux biologiques. Plus précisement, nous étudions l'analyse causale des réseaux biologiques. Plus plus de détails et pour accéder aux logiciels, visitez CABIN.
Biologie synthétique
Synthetic Biology
La biologie synthétique constitue un domaine interdisciplinaire émergent visant à développer une ingénierie pour le génie génétique et le génie génomique. Il représente une nouvelle voie possédant des interactions très forte avec la biologie des systèmes. Son objectif est à terme de concevoir de grands systèmes de synthèse en biologie. Son essor s'appuie technologiquement sur les progrès des techniques de lecture (séquençage) et d'écriture (synthèse) de l'ADN dont la croissance s'assimile à celle connue précédemment pour la conception des processeurs. Son développement s'architecture de manière similaire à celui des composants électroniques par l'assemblage de briques élémentaires (bio-brick) afin de former des composants ; eux-mêmes considérés comme des parties d'un système plus intégré. Les verrous actuels de ce domaine scientifique concernent la caractérisation des bio-bricks et de la maîtrise de leur assemblage, notamment les phénomènes d'interférences entre différents réseaux de régulation. Afin de faciliter la conception de grands réseaux synthétiques, nous étudions un environnement de conception de systèmes synthétiques qui repose sur la définition d'un langage de programmation permettant de programmer ces systèmes - groupe GREBS.
Théorie des Jeux et réseaux
Game network Theory
La théorie des jeux se propose d'étudier des modèles, appelés jeux, où des individus prennent des décisions, chacun étant conscient que le résultat de son propre choix dépend aussi de celui des autres. C'est pourquoi on dit parfois de la théorie des jeux qu'elle est une théorie de la décision en interaction. De récentes extensions de la théorie considère les réseaux comme un nouveau "terrain de jeux". Le réseau définit une structure d'interactions introduisant une localité représentée par les connexions. Très généralement, nous étudions comment rapprocher ces deux domaines. Je collabore sur ce projet avec Pierre Lescanne (LIP-ENS Lyon)