Qui suis-je ?

Professeur depuis 2005 à l'Université de Paris-Saclay - Univ. Evry, je me suis reconverti vers la bioinformatique en 2000. Auparavant, mes thèmes sujets de recherches concernaient le calcul haute performance: Compilation pour les langages parallèles, parallélisation de structures creuses, environnement de structures creuses pour le calcul parallèle intensif. A présent, mes sujets de recherche concernent l'étude de la dynamique des réseaux biologiques, la théorie des jeux à base de réseaux et les méthodes de prédiction pour la médecine de précision. Je suis membre de l'équipe COSMO.

Thèmes de recherche

Analyse des propriétés des réseaux

Ce thème a pour objet l'étude des propriétés dynamiques des réseaux biologiques par des méthodes informatiques théoriques. Il s'agit de développer un corpus de méthodes et de cadres théoriques permettant d'exhiber les propriétés des réseaux biologiques. Plus précisément, nous étudions l'analyse causale des réseaux et de leur modularité.

Reprogrammation des réseaux moléculaires

La médecine des réseaux a pour objet l'étude des maladies et de leur traitement en se fondant sur l'analyse des réseaux biologiques. La transition entre cellule saine et malade et inversement s'interprète alors comme une reprogrammation du réseau moléculaire induite par des perturbations topologiques assimilées à des actions de reprogrammation. L'objectif est d'inférer ces actions conduisant à la modification du destin cellulaire. Nous proposons un cadre théorique étendant les réseaux Booléens, appelé les réseaux booléens contrôlés où les actions topologiques sur le réseau définissent les contrôles. L'enjeu est d'inférer automatiquement les actions causales minimales conduisant à dévier la dynamique du système (biologique) vers un comportement attendu. Plus généralement, ce cadre de modélisation s'applique à un grand nombre de situations biologiques modifiant le destin de la cellule.