Sujet : « Étude, exploitation et extension d’une Base de données de structures 3D d’ARN »
Description et objectifs du stage
Une base de données appelée RNANet (Becquey et al., Bioinformatics 2020) dédiée aux structures d’ARN a été développée au sein de l’équipe AROBAS du laboratoire IBISC.RNANet intègre les structures 3D d’ARN avec leurs séquences et leurs structures secondaires et fournit un grand nombre de paramètres sur ces structures.
Le stage consiste à exploiter les données de RNANet pour répondre à diverses questions scientifiques (fouille de données) et à compléter le jeu de données par d’éventuels nouveaux paramètres. Enfin, une interface web facilitant la visualisation et la consultation des données sera développée si le temps le permet.
Contact
Encadrement : Fariza TAHI, Email : farizaDOTtahiATuniv-evry.fr ; Louis BECQUEY, Email : louisDOTbecqueyATuniv-evry.fr
Localisation
Laboratoire IBISC EA 4526 – Équipe AROB@S, site IBGBI, 23 Boulevard de France, 91000 Évry-Courcouronnes
Références
Becquey L., Angel E., Tahi F. (2020). « RNANet: an automatically built dual-source dataset integrating homologous sequences and RNA structures ». Bioinformatics, btaa944. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa944. Réf. HAL: hal-03052715
- Date de l’appel : 28/01/2021
- Statut de l’appel : Pourvu
- Contact coté IBISC : Fariza TAHI (PR Univ. Évry, IBISC équipe AROB@S), Louis BECQUEY (Docteur équipe AROB@S)
- Sujet de stage niveau Master 1 (format PDF)
- Web équipe AROB@S
